公司应该对库存实存数进项定期或不定期全面盘点或抽盘，保证账面库存数和实际库存数相同，如有差异，应该按以下步骤处理：
一、盘点，报告
财务部门和仓库部门共同进行盘点，和账面库存数相比较，做盘盈盘亏表和报告。
二、查明原因
根据盘盈盘亏表的差异查找原因，如果是提前入库或出库没来的急入账，应补齐相关手续及时入账。如果是自然损耗、自然灾害、还是管理不善等原因，在报经比准以前，将差额计入“待处理财产损益“科目。
盘亏：借：待处理财产损益
贷：库存商品
盘盈：借: 库存商品
贷：待处理财产损益
三、报公司审批核销
根据查明的结果，报公司审核核销。
四、财务根据盘盈盘亏审批结果进行调账
（1）、如果是盘盈，经批准后计入”管理费用“
盘盈：借: 贷处理财产损益
贷：管理费用
（2）、如果属于自然损耗产生的定额内损耗，经批准后计入”管理费用“。
盘亏：借：管理费用
贷：贷处理财产损益
（3）、如果是由于室外损失或是自然灾害损失，在扣除保险公司赔偿后计入”营业外支出“。
盘亏： 借：其他应收款（保险赔款）
营业外支出
贷：待处理财产损益
（4）、如果是因为管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失，扣除有关责任人赔偿后计入”管理费用“。
盘亏：借：管理费用
其他应收款（相关责任人赔款）
贷： 待处理财产损益
另外要注意的是，非正常损失库存的进项税额不能抵扣，应该做进项税额转出。库存损失金额较大的，要做专项申报，才能税前列支，具体请询问主管税务局。
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